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建筑市場信用缺失。目前，建筑市場信用體系尚未建立。一方面，監管機構無法及時發現投標人的違法違約行為，這使得投標人存有違法行為不被發現的僥幸心理；另一方面，代理機構和投標人的違法行為對其跨地區進行招標投標影響很小，違法成本過低。
現有法規體系存在彈性空間。目前，建筑工程招投標依據的法律、法規有些條款規定由于缺少相應的實施細則和具體標準，在實際工作當中很難做到準確把握。
交易各方主體尚未成為實質上獨立運作的市場主體。在現有體制下，項目業主實質上是各級政府的代理人。項目業主的價值取向與掌握的權力，決定著招標代理人有時僅是按照業主的意愿幫助業主完成符合法規程序的招投標運作，使業主傾向的中標人合法化。
評標時間不科學，時間較短，難以保證評標結果的科學和客觀。每項工程都有較多的投標文件，而評審時間一般都是一天，不分工程規模、項目性質等，也不考慮投標人數量。而且，評標時間是招標人的權力范圍內的事情，法律法規對于招標人確定評標時間問題缺乏強制性規定。
缺乏對評標專家的有效監督機制。評標專家違法成本低、收益大，現有法規雖有對評標委員會及其成員進行處罰的有關規定，但認定很難，責任過輕，對有關違規專家只能采取不能參與評標、從專家庫中予以清除的處罰。部分評標專家不講職業道德、缺乏個人信用，不能做到依照法律和招標文件的規定公正合理、認真負責地評標，對有些投訴中反映的問題，專家評標時根本未予考慮。
行政主管部門監管招投標工作存在難點。行政主管部門目前主要依靠《招標投標法》、《建筑法》及有關部令和地方法規等監督招投標工作，但在實際工作中缺乏實施細則，特別是法律規定的歧視性條款等較難把握，導致行政自由裁量權過大，極易發生越位和缺位行為，也給招標人、招標代理人“暗箱操作”提供可乘之機。
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